Este estudo foi realizado com o objetivo de identificar o potencial para o desenvolvimento da aqüicultura ao longo do baixo curso do rio São João, RJ. Para tal, foi construído um Sistema de Informação Geográfica a partir de várias imagens. Dois modelos foram desenvolvidos, integrando critérios ambientais importantes para as espécies eurihalinas já estabelecidas e cultivadas na área de estudo que incluem Litopenaeus vannamei (camarão branco), Macrobrachium rosenbergii (pitu), e Oreochromis niloticus (tilápia). Para a escolha das áreas aptas, utilizou-se processamento de diversas imagens integradas numa avaliação multicritério (MCE). Áreas com restrições para o desenvolvimento foram identificadas e excluídas. O Processo de Hierarquia Analítico (PHA) foi usado para estabelecer pesos do MCE gerando áreas viáveis para cada espécie. A área total adequada encontrada foi de 55,79 km2. No total foram encontrados 667 ha para L. vannamei, 4.697 ha para M. rosenbergii e 4.905 ha para O. niloticus. Estas informações poderão ser úteis ao processo de planejamento regional e tomada de decisões de gestores e investidores. Os resultados mostram o potencial de geração de novos empregos assim como o desenvolvimento da aqüicultura regional.